分子识别在色谱中的应用就是亲和色谱。生物大分子对亲和色谱配体（某些基团或分子）有特异性作用，形成一种特殊的分子间作用。这种作用是多种作用力（疏水力、静电力、氢键力、范德华力等）的综合作用结果加上立体适配作用的集成。配体对溶液中分子的作用是有选择性的，只对一类或一种生物大分子起作用而使其保留，对其他物质不起作用。就象一把钥匙开一把锁，有人也把这亲和作用叫锁钥作用。

亲和色谱是一种分离度最高的色谱法，但只能用于生物大分子分离。做好亲和色谱的关键是选好配体和色谱条件。

亲和色谱最常用的基质是琼脂糖凝胶，根据目标蛋白质的分子量大小选用凝胶。分子量在百万以上选用 4B（ CL4B,4FF）系列，分子量稍小些的选用 6B(CL6B,6FF)系列。 CL系列键合密度大， FF系列耐压高、机械性能好。

要根据分离对象选择合适的配体，配体应对某一个样品或某一类样品有特异性吸附。我们现在已经知道的有些配体如底物和抑制剂对酶、抗体对抗原有特异性吸附；有些配体对某一类样品有特异性吸附，如刀豆球蛋白对糖蛋白、某些三嗪染料对干扰素及某些蛋白、对氨基苯甲脒对含丝氨酸的蛋白质有吸附。（祥见有关专著）

商品化的亲和色谱介质品种不多，见下表。

亲和色谱种类太多，很多情况下买不到商品填料，要自己合成。可以根据配基活性基团的种类选择购买活化琼脂糖微球再合成是比较方便的途径。也可以购买交联琼脂糖自己从头合成。（见相关专著）